公元2035年，人类被12只猴子军研制的一种病䓯侵袭，大部分人类都在这场病䓯灾难中死亡，只有少数人侥幸逃生，但也只能在阴暗的地下，苟且鍮生。
科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔(布鲁斯·威利斯 Bruce Willis 饰)被 挑选为志愿者。阴差阳错，科尔回到了1990年，当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时，被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉（玛德琳·斯通 Madeleine Stowe 饰）诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯帮助下逃脫，回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历，科尔再次被派回了1996年。
科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城，他找到了医生凯瑟琳，二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅!阿尔夏珠走到了蒙烈的尸体前，望着这个令她蒙受了巨大的耻辱又恨之入骨的年轻人的尸体，确定了他真的生机已绝之后她终于彻底的松了口气，没人知道她这些日子以来是生活在怎样的一种心灵煎熬之中，堂堂的雪狐大萨满却成为了他人的猎物，被人给一路追杀，如此耻辱和痛苦，却是她一生都无法释怀的了，哪怕蒙烈已经死去。
