1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……老者的目光从蒙烈的身上一扫而过，然后向着阿尔夏珠等人点头道：“死透了，在我的‘绝鹰杀阵，之下，连灵魂都会瞬间泯灭，绝无生者。不过这小子竟能在突如其来的情形下还抵抗我精心布设的‘绝鹰杀阵，的大半威力，最后还是鹰魂羽上的绝魂之力才杀掉了他，果然有一手，这实力恐怕已达到了秦颂人的真人境界了。阿尔夏珠你说得对，如果让此人进一步成长下去，迟早必成我匈隶的心腹大患，如今他自寻死路却是再好不过了，噬灭苍狼护佑我大匈隶啊。”
